In der Bauzone müssen die häuslichen Abwässer der Landwirtschaftsbetriebe zwingend über einen Anschluss an die öffentliche Kanalisation abgeleitet werden.

Ausserhalb der Bauzone, aber im Bereich der öffentlichen Kanalisation, können die häuslichen Abwässer der Landwirtschaftsbetriebe nur verwertet werden, wenn sie mit einer ausreichenden Menge von flüssigem Hofdünger (Gülle) vermischt werden und nur unter gewissen Bedingungen (siehe Vollzugshilfe Nr. 3.1.001  „Anschlusspflicht an die öffentlichen Abwasserkanalisationen“). Die häuslichen Abwässer, die nicht in der Güllegrube gemischt und in der Landwirtschaft verwertet werden können, müssen an die öffentliche Kanalisation angeschlossen und so abgeleitet werden.

Ausserhalb des Bereichs der öffentlichen Kanalisationen können die häuslichen Abwässer der Landwirtschaftsbetriebe nur unter den oben erwähnten Bedingungen verwertet werden. Die häuslichen Abwässer, die nicht in der Landwirtschaft verwertet werden können, müssen via Kleinkläranlage (KlARA) abgeleitet werden.

Die Entsorgung von Sauberwasser eines Landwirtschaftsbetriebs (zum Beispiel Dach-, Vorplatz- und Sickerwasser) wirkt sich auch auf die Wasservorkommen aus. Die landwirtschaftlichen Neubauten verfügen über umfangreiche versiegelte Flächen. Das Sauberwasser wird zu oft ohne vorgängige Rückhalte- oder Verwertungsmassnahmen (Reinigung, Bewässerung usw.) in eine Kanalisation abgeleitet, welche direkt in ein Fliessgewässer mündet.