Dans la zone à bâtir, les eaux usées domestiques des exploitations agricoles sont obligatoirement à évacuer par un raccordement aux égouts publics.

Hors de la zone à bâtir, mais dans le périmètre des égouts publics, les eaux usées domestiques des exploitations agricoles ne peuvent être valorisées dans l’agriculture que mélangées à une quantité suffisante d’engrais de ferme liquide (purin) et sous certaines conditions (voir aide à l’exécution n° 3.1.001 « Obligation d’évacuer les eaux polluées par un raccordement aux égouts publics »). Les eaux usées domestiques qui ne peuvent être mélangées dans la fosse à purin et être valorisées dans l’agriculture, doivent être évacuées via un raccordement aux égouts publics.

Hors du périmètre des égouts publics, les eaux usées domestiques des exploitations agricoles ne peuvent être valorisées dans l’agriculture qu’aux mêmes conditions que mentionnées ci-dessus. Les eaux usées domestiques qui ne peuvent être mélangées dans la fosse à purin et être valorisées dans l’agriculture, doivent être évacuées via une station d’épuration de faible capacité (mini-STEP).

Le mode d’évacuation des eaux claires d’une exploitation agricole (par exemple toiture, voies d’accès, places) a aussi son impact sur les ressources en eau. Les nouvelles constructions agricoles, donc les surfaces imperméabilisées, sont de grandes dimensions. Trop souvent, les eaux claires sont évacuées par une canalisation débouchant directement dans un cours d’eau, sans mesure de rétention ou de valorisation préalable (récupération des eaux claires pour le nettoyage, l'arrosage, l'irrigation, etc.).