L'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux) exige des cantons de procéder aux relevés écomorphologiques des cours d'eaux (art. 41d al. 1 let. a). Ces relevés servent de base pour la planification des revitalisations selon la loi sur la protection des eaux (LEaux art. 38a) et son ordonnance (OEaux art. 41d).

Les relevés se basent sur la méthode "Ecomorphologie - niveau R" (voir liens externes), un module du système modulaire gradué, et se font par tronçon homogène. Dans chaque tronçon sont évalués la variabilité de la largeur du lit mouillé, l'aménagement du lit et des berges, ainsi que la largeur et la nature des rives. De plus, tous les seuils et ouvrages (p. ex. rampes, dépotoirs, etc.) sur le cours d'eau sont répertoriés.

Les paramètres relevés sont évalués selon un système de points qui permet de classer les tronçons en quatre catégories représentées par des couleurs différentes: naturel/semi-naturel (bleu), peu atteint (vert), très atteint (jaune), non naturel/artificiel (rouge).

Le canton de Fribourg procède au relevé de l'écomorphologie des cours d'eau depuis les années 2000. Une campagne intensive a été effectuée entre 2012 et 2014, afin de compléter les données déjà disponibles. Ainsi, ce sont au total près de 2300 km de cours d'eau qui ont été parcourus et évalués (environ 90% du réseau hydrographique cantonal). Les résultats montrent que 34% des cours d'eau, soit approximativement 800 km, sont fortement aménagés ou sous terre.