Toutefois, malgré l'ampleur de ces travaux et les importants investissements, une protection absolue contre les crues ne sera jamais atteinte. Un risque résiduel existera toujours. Les événements de ces dernières années ont démontré que les conséquences d'événements naturels exceptionnels ne peuvent être maîtrisées que partiellement par des mesures de protection structurelles (ex: digues, bassin de rétention...).
Une protection efficace contre les crues passe donc par la réduction des dommages potentiels. Les objectifs de protection sont définis selon les intérêts en présence.
Afin de pouvoir juger des besoins de protection, il faut connaître de façon globale la situation hydrologique, les conditions d'aménagement du cours d'eau et les types de danger principaux. Grâce à la documentation sur les crues comprenant l'analyse des événements, le cadastre des événements et les cartes des dangers, il est possible d'identifier les dangers existants et les conflits. Les dangers existants doivent être pris en compte dans les plans directeurs et les plans d'affectation. D'autre part, les nouvelles installations et constructions doivent être, autant que possible, éloignées des cours d'eau. Pour cela, le canton doit réserver un espace nécessaire au cours d'eau et l'inscrire dans le plan directeur et les plans d'affectation. Il doit en tenir compte dans toutes les activités ayant un effet sur l'organisation du territoire.
Les mesures structurelles, telles que la construction de bassin de rétention ou d'arrières digues, sont prises uniquement quand les mesures d'aménagement du territoire ne suffisent pas à assurer un niveau de protection adéquate.
Il n'existe pas de protection absolue contre les crues et les dangers qu'elles occasionnent. En complément aux mesures structurelles et d'aménagement du territoire, les interventions en cas d'urgence doivent être planifiées et organisées. Il est crucial que les autorités compétentes soient conscientes des dangers liés aux crues, à l'échelle locale et régionale. L'apparition de situations dangereuses doit être reconnue rapidement, afin de pouvoir tenir la population au courant, d'alarmer les services de sécurité. Si les événements extrêmes sont identifiés suffisamment tôt, des mesures d'urgence peuvent être prises afin de réduire les dommages.