La demande doit être assortie d'un cahier des charges, qui doit désigner un (ou plusieurs) organisme de certification. Ce dernier est chargé de procéder aux contrôles du respect des exigences du cahiers de charges lors de la production, de la transformation ou de l'élaboration du produit. 

Dans le cas des deux fromages AOP "Gruyère" et "Vacherin fribourgeois", l'organisme de certification est l'Organisme Intercantonal de Certification (OIC). Celui-ci a sous-traité une partie des tâches de contrôle au Service de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires.

Remarque:
Il y a lieu de rappeler que le droit alimentaire (voir le chapitre sécurité alimentaire) a notamment pour but de protéger les consommateurs contre les tromperies. Ce but est notamment concrétisé par l'art. 12 de l'Ordonnance sur les denrées alimentaires (ODAlOUs) qui interdit, entre autres, les indications ou présentations de toute nature pouvant prêter à confusion avec les désignations protégées par l'ordonnance sur les AOP et les IGP (RS 910.12). Dans le cadre de l'application du droit alimentaire, le service intervient dans les cas de tromperie.