Die Freiburger Strafanstalt besteht aus sieben Organisationseinheiten (Abteilungen) und einem Dienst für Verwaltung und Direktionsunterstützung, die auf die Standorte Bellechasse und Zentralgefängnis verteilt sind.
Das Personal der Anstalt umfasst die Mitglieder des Direktionsrates (Abteilungsleiter und Direktor), das Aufsichtspersonal, das mit sozialen oder medizinischen Aufgaben oder mit der Ausbildung betraute Personal und das Verwaltungspersonal.