Das Museum für Kunst und Geschichte Freiburg sammelt hauptsächlich Kunstwerke und historische Gegenstände, die aus dem Kanton Freiburg stammen oder aus anderen Gründen für ihn wichtig sind. Eine Reihe von Objekten innerhalb dieser autochthon geprägten Sammlung sind jedoch von internationaler Bedeutung: so etwa die frühmittelalterlichen Gürtelschnallen, das Ostergrab aus dem Kloster Magerau, die Tafelgemälde von Hans Fries, die spätgotischen Skulpturen, Werke der Künstlerin Marcello und ihrer Freunde sowie Plastiken von Jean Tinguely und Niki de Saint Phalle.

Die Anfänge der Freiburger Institution reichen weiter zurück als diejenigen zahlreicher um 1900 entstandener Schweizer Museen. 1774 vermachte Tobias Gerfer, Mitglied des Heimlichen Rats, der Bibliothek des Jesuitenkollegiums seine Medaillensammlung und legte damit den Grundstein zur ersten öffentlichen Sammlung in der Stadt. Die eigentliche Gründung des kantonalen Museums erfolgte 1823 ebenfalls im Kollegium, und zwar mit der Einrichtung eines physikalischen und eines naturgeschichtlichen Kabinetts, zu dem der Chorherr Charles-Aloyse Fontaine einen Teil seiner Sammlung und Bibliothek beisteuerte. Ein numismatisches Kabinett entstand aufgrund von Schenkungen Papst Leos XII. und des französischen Königs Karl X. Als 1838 der Erweiterungsbau des Kollegiums, das Lyzeum, fertig gestellt war, wurden hier neben dem Genannten auch Antiquitäten und volkskundliche Exponate untergebracht – eine enzyklopädische Sammlung. Ein Teil davon ging 1848 im Sonderbundskrieg bei der Plünderung Freiburgs durch bernische Truppen verloren; 1849 trennte man die verbleibenden Bestände in eine naturwissenschaftliche Abteilung sowie eine weitere für Kunst und Geschichte. 1873 entschloss sich die Kantonsregierung, die Gemäldesammlung mit Unterstützung des Kunstvereins (Société fribourgeoise des Amis des Beaux-Arts) zu bereichern. Wichtige Werke stammten dabei aus dem säkularisierten Kloster Hauterive (Altenryf) und dem ehemaligen Jesuitenkollegium. 1875 wurde Louis Grangier, der französische Literatur unterrichtete und sich für die Erforschung der Freiburger Geschichte engagierte, Konservator der archäologischen Sammlung und der Kunstabteilung; er veröffentlichte einen Katalog der Gemälde. Ihm folgte von 1899 bis 1907 Max de Techtermann; seiner Sammeltätigkeit verdankt das Museum zahlreiche mittelalterliche Skulpturen. Mit der Freiburger Plastik der Spätgotik befasste sich ein halbes Jahrhundert später auch der Konservator und Kunsthistoriker Marcel Strub; heute ist dieser Bestand Thema eines Forschungsprojektes.

Im Lauf der Zeit hatten mehrere Schenkungen das Museum bereichert: 1872 die umfangreiche Sammlung von Waffen und Jagdgerät des Grafen Oswald Szymanowski, 1881 Werke der Bildhauerin und Malerin Marcello (Adèle d’Affry, Herzogin Castiglione Colonna), für welche gemäss ihrem Testament eigene Räume, das sogenannte «Musée Marcello», eingerichtet wurden. 1917 schliesslich bot die lothringische Gräfin Saulxures dem Kanton ihre Sammlung von Möbeln und Kunsthandwerk an unter der Bedingung, dass man sie im Ratzehof ausstelle. So wurde das Museum hierher verlegt und 1922 eröffnet. Durch Neuerwerbungen, aber auch durch Sonderausstellungen werden seither die bereits bestehenden Schwerpunkte der Sammlung verstärkt und bekannt gemacht; zeitgenössisches Freiburger Kunstschaffen ist dank regelmässigen Ankäufen präsent. Seit den 1980er Jahren dient der Garten überdies als Schauplatz für einen neuen Sammlungszweig: Hier trifft man in Nachbarschaft zu Niki de Saint Phalles «Grande Lune» auf Eisenplastiken von Schweizer Künstlern wie Bernhard Luginbühl oder Oscar Wiggli.