Im Laboratorium Lebensmittelbiologie werden hauptsächlich Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände aus offiziellen, d.h. vom Amt durchgeführten, Probeerhebungen mikrobiologisch analysiert.
Das Laboratorium führt ebenfalls mikrobiologische Analysen des Trinkwassers durch. Diese Proben werden von den Wasserverteilern im Rahmen ihrer Selbstkontrolle erhoben und dem Laboratorium zur Analyse übergeben.
Im Rahmen von Ermittlungen bezüglich allfälliger Lebensmittelvergiftungen, ist das Laboratorium auch in der Lage, die Präsenz von Keimen oder Giftstoffen nachzuweisen, die der Grund für die gesundheitlichen Probleme sein können.
Das Laboratorium Lebensmittelbiologie ist nach ISO/CEI 17025 (Versuchslabor – Akkreditierungsnummer STS 0161) akkreditiert. Nach folgenden Mikroorganismen wird gesucht: 

• die Verderbungskeime sind ein Indikator dafür, dass die Hygiene bei den Fabrikationsprozessen nicht respektiert wird und in einem Betrieb schlechte (nachteilige) Praktiken angewendet werden (z.B. nicht respektierte Kühlkette, im Voraus zubereitete Speisen, zu langes Aufbewahren);
• die Krankheitserreger, wie Listeria, Salmonella, Campylobacter, usw., verantwortlich für Vergiftungen oder Lebensmittelvergiftungen, sind wichtige Mikroorganismen in der Lebensmittel-Mikrobiologie.

Die Hygieneverordnung legt die mikrobiologischen Kriterien fest, welche die Akzeptabilität eines Produktes, einer Partie Lebensmittel, eines Prozesses oder eines Gebrauchsgegenstandes definieren (Art. 5 HyV).

Das Laboratorium Lebensmittelbiologie führt zudem auch mikrobiologische Analysen des Wassers in Schwimmbädern und öffentlichen Badestränden durch.