Le secteur Administration, Peines privatives de liberté de Substitution et Casier Judiciaire est en charge des flux relatifs aux communications (guichet, téléphones, courrier). Il gère, en lien avec le Secteur Peines privatives de liberté, Mesures et Probation (PMP) et le Secteur Peines en Milieu Ouvert (PMO), l'ensemble des démarches relatives à la gestion administrative, sociale, informative des personnes se trouvant dans les différents régimes privatifs et/ou restrictifs de liberté. Il forme des apprenti-e-s de commerce.
Ce secteur a également pour mission de faire exécuter une amende ou une peine pécuniaire impayée prononcée par une autorité judiciaire, non exécutable par la voie de la poursuite pour dettes, en encaissant le montant de l’amende ou de la peine pécuniaire, ou en mettant la personne condamnée en détention. L’entité assume également des tâches propres du service de coordination pour le traitement des données auprès de la centrale suisse des casiers judiciaires « VOSTRA ». Cela consiste à enregistrer les procédures en cours, les jugements et les décisions ultérieures prononcées par les autorités judiciaires afin d’en établir les extraits pour les autorités cantonales.