Die mineralogische Sammlung umfasst 15 700 Inventarnummern mit Material aus allen Erdteilen.

Mehr als 600 gut dokumentierte Stufen aus der ehemaligen Privatsammlung des Museumsgründers Chorherr Charles-Aloyse Fontaine (1754-1834) bilden den Grundstock der geowissenschaftlichen Bestände und gehören zu den ältesten bekannten Objekten des NHMF überhaupt. Weitere wichtige historische Sammlungsteile sind die mehr als 1600 Mineralstufen des katholischen Theologen Franz Lorinser (1821-1893) sowie die rund 750 Belege des deutschen Mineralogen und ersten Professors für Mineralogie an der Universität Freiburg (Schweiz) Heinrich Adolph Baumhauer (1848-1926) aus dem Binntal (VS). Gut zwei Drittel dieses Materials stammt aus der berühmten Mineraliengrube Lengenbach.

Neben der systematischen Sammlung aus dem 20. Jahrhundert verwaltet das NHMF noch diverse teils thematische Sammlungen, so etwa jene von Alfred Frey (3000 Belege) und Roger Martin (Mineralien aus der Drôme) sowie grössere Bestände mit Calcit, Quarzmineralien, alpinen Stufen, radioaktiven Mineralien (400 Belege) oder Material aus dem Steinbruch von Enney (FR) (220 Belege).

Die 13 000 Inventarnummern umfassende Fossiliensammlung des NHMF dokumentiert 10 650 wirbellose Tiere, 1100 Wirbeltiere,  950 Pflanzen sowie 300 Spurenfossile. Insgesamt stammen 9700 Belege aus der Schweiz, davon mehr als die Hälfte aus Dissertationssammlungen, die im Museum hinterlegt sind.

Weiter zu nennen sind eine Sammlung mit Oogonen und Megasporen des Botanikers Erwin Knobloch (1934-2004), 90 Belege mit Wirbeltierresten aus dem Miozän von Wallenried (FR), 320 Belege mit Pflanzenfossilien aus dem Paläozoikum sowie 90 Pflanzenfossilien aus dem Oligozän von Greit (ZG).

Aktuelle Sammlungsschwerpunkte sind Fischfossilien aus dem Paläozoikum, hauptsächlich von Spitzbergen sowie aus Deutschland, Kanada und Schottland (320 Belege), wirbellose Tiere aus dem Unteren Devon von Deutschland (120 Belege) sowie Wirbellose aus dem Dogger von Anwil (BL) (320 Belege).

Die petrografische Sammlung des NHMF umfasst 4500 Inventarnummern. Bedeutende historische Sammlungsteile sind die mehr als 100 Belege des Schweizer Geologen, Mineralogen und Alpinisten Bernhard Rudolf Studer (1794-1887) aus dem Kanton Graubünden sowie die rund 1100 Gesteinsproben historischer Tunnelbauprojekte (Albula, Gotthard Scheiteltunnel, Lötscberg Scheiteltunnel, Ricken, Simplon Basistunnel, Weissenstein).

Daneben bestehen diverse thematische Sammlungen, so etwa mit teils historischen Findlingen (170 Belege), Meteoriten (110 Belege), Belegen aus im NHMF hinterlegten Dissertationen oder Gesteinsproben zu geowissenschaftlichen Themen wie Plutonismus, Vulkanismus, Metamorphismus oder Bergbaukunde.

Auf Anfrage erhalten Studierende und Forschende Zutritt zu den geowissenschaftlichen Sammlungen. Kontaktieren Sie bitte den Konservator, Emanuel Gerber, und informieren Sie ihn über die Art der wissenschaftlichen Arbeit sowie über den Rahmen, in dem diese durchgeführt wird.

Das Sammlungsinventar steht gegenwärtig noch nicht online zur Verfügung. Entsprechende Anfragen werden aber gerne entgegengenommen und behandelt.