Le MHNF a pour but (art. 41 LICE) :

• d'offrir au public la possibilité de connaître la nature, en particulier le patrimoine naturel cantonal, à la lumière des sciences naturelles;
• d'offrir aux élèves et aux étudiants, aux membres du corps enseignant de tous les degrés et aux chercheurs des possibilités particulières d'information et de recherche;
• d'assurer le recensement de ses collections et de celles des instituts de la Faculté des sciences de l'Université et des autres collections analogues appartenant à l'Etat et à ses établissements, et de veiller à leur sécurité, leur entretien et, le cas échéant, leur restauration;
• d'enrichir ses collections par l'acquisition d'objets, en particulier de ceux qui appartiennent au patrimoine naturel fribourgeois;
• de veiller au recensement des objets et instruments scientifiques et didactiques utilisés pour l'enseignement des sciences naturelles dans les établissements d'Etat, et de les réunir à ses collections lorsqu'ils n'y sont plus en usage et qu'ils présentent un intérêt suffisant;
• de prendre part à la concertation entre les musées du canton et, le cas échéant, de contribuer au développement de ceux qui poursuivent des buts analogues aux siens.