Le rôle de la section protection des eaux est de protéger qualitativement et quantitativement les eaux superficielles et souterraines des atteintes liées aux activités humaines. Elle est chargée de l’organisation et de la planification des mesures de surveillance et de protection des eaux en fonction des déficits constatés.
 
En plus du chef de section, elle est composée de onze personnes, réparties en quatre secteurs d’activité.
 
Eaux usées urbaines
Le secteur eaux usées urbaines s'occupe principalement de coordonner la construction et la gestion de l'équipement des communes et des associations en installations d'épuration et d’évacuation des eaux.
Le fonctionnement correct et durable de ces infrastructures est en effet indispensable au maintien de la qualité des eaux superficielles et souterraines.
 
Eaux usées industrielles
Le secteur eaux industrielles est chargé de l’assainissement des entreprises industrielles et artisanales sous l’angle de la protection des eaux, de manière à limiter les pollutions à la source par l’intermédiaire d’ouvrages de prétraitement.
 
Liquides polluants
Le secteur liquides polluants (hydrocarbures) est essentiellement occupé par des tâches de prévention et d'assainissement dans le domaine des hydrocarbures (citernes et branche automobile).
Il s’assure que les détenteurs de ces substances polluantes disposent des installations nécessaires au stockage correct de ces produits de manière à préserver en particulier les eaux souterraines d’une pollution liée à des fuites accidentelles.
 
Agriculture
Le secteur agriculture consacre l'essentiel de son temps à la prévention et à l'assainissement, de manière à ce que les exploitations agricoles soient équipées d’installations de stockage suffisantes (volume et étanchéité) pour l’entreposage de leurs engrais de ferme.

Eaux souterraines et superficielles
Les secteurs eaux souterraines et superficielles sont chargés de l'observation de la qualité des eaux superficielles (lacs et rivières) et souterraines (nappes phréatiques, puits, captage, ainsi que de l'application des mesures nécessaires à la protection des ressources en eaux.