Der Biotopschutz reicht bei gewissen Arten, die besonders anspruchsvoll oder gefährdet sind, nicht, um deren Fortbestand zu gewährleisten. In solchen Fällen braucht es zusätzliche, zielgerichtete Massnahmen.
Das BNLS ist verantwortlich für den Schutz der meisten Freiburger Tier- und Pflanzenarten. Für die Arten hingegen, die unter das kantonale Gesetz vom 14. November 1996 über die Jagd sowie den Schutz wild lebender Säugetiere und Vögel und ihrer Lebensräume fallen, ist das Amt für Wald, Wild und Fischerei zuständig.
Für den wirksamen Schutz der gefährdeten Arten sind die so genannten roten Listen ein wichtiges Instrument; denn sie helfen, die Prioritäten der Schutzmassnahmen zu bestimmen.